Malala Ikastolaren helburua ikasleak bere burua garatzea eta gero eta konplexuagoa den gizarte batean txertatzea da, gizartea bera hobetzen lagun dezan. Hori horrela, Malala Ikastolaren Hezkuntza Ereduan ezinbestekoak dira:  ikasleen gaitasunak garatzea, berrikuntza, ikaskuntza-metodologia aurreratuak, ikasteko hainbat aukera eta ikaskuntza pertsonalizatua. 

Ikasle bakoitzaren ikaskuntza-prozesua garapen pertsonal, kognitibo eta sozialaren inguruan antolatzen da, hiru etapa handitan: Sendotu, Jabetu eta Erabaki. Eskema horri esker, ikaskuntza-proiekturik pertsonalizatuenetako bat lortzen da.